Tahap Awal Pendirian
Pada tanggal 9 maret 1959, Dewan Pemerintah Daerah, Daerah Swantara tingkat II Kulon Progo, membentuk Panitia yang bertugas untuk mendirikan Sekolah Menengah Atas di Kulon Progo. Panitia tersebut terdiri dari: a. Bapak Wedono Kantor Kabupaten Kulon progo b. Bapak Kepala Jawatan Penilik Masyarakat Kulon Progo dan c. Bapak R. Maryono Martosusanto, Direktur SGA Negeri Wates Atas kerja panitia tersebut pada tanggal 1 September 1961, terbentuklah SMA Persiapan Negeri Wates. Karena baru terbentuk sekolah tersebut belum memiliki gedung untuk tempat kegiatan belajar mengajar. Pada awal berdirinya, sekolah menerima pendaftaran murid baru sebanyak tiga kelas, dengan tempat belajar menyewa rumah bapak H. Adnan (sekarang dealer motor Suzuki Jambu Motor). Untuk tahun-tahun berikutnya tempat belajar bagi murid kelas I dan II menumpang di SGA Wates dan SD kanisius Wates, dengan waktu belejar masuk siang. Kepala Sekolah pada saat itu masih dirangkap oleh Bapak R. Maryono Martosusanto yang juga kepala SGA Negeri Wates dan guru-gurunya adalah guru-guru SGA Negeri Wates dan hanya ada 3 orang guru tidak tetap yang bukan dari SGA.
Tahap pe-Negeri-an
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri PP dan K Republik Indonesia tanggal 10 September 1962, Nomor 21/SK/B/III tentang pengambilalihan SMA Swaste menjadi SMA Negeri Gaya Baru, terhitung tanggal 1 Agustus 1962 SMA Persiapan Negeri Wates, secara resmi berubah status menjadi SMA Negeri Wates. Berdasarkan Cas Sekolah pada saat itu, SMA Negeri Wates merupakan SMA Negeri ke 212 untuk seluruh Indonesia, sehingga dikenal sebagai SMA Negeri 212. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri P dan K RI tanggal 26 November 1968, Nomor: E-6818-II Sp/Set/68, diangkatlah Kepala SMA negri wates yang kedua yaitu bapak R. Hartono Hadiwiyoto.
Tahap Pembangunan
Pada saat Bupati Kulon Progo dijabat Bapak KRT. Suryoningrat, beliau merelakan tanahnya seluas 7400m2 yang berlokasi di Terbah, dibeli oleh POMG SMA Negeri Wates untuk didirikan Gedung SMA Negeri Wates.Untuk melengkapi sarana ependidikan dlam proses belajar mengajar IPA, pada tahun 1975, pemerintah membangun Gedung Laboratorium IPA. Pada tahun-tahun berikutnya BP3 juga telah membangun Ruang Guru, Ruang T.U. dan Ruang Perpustakaan dan Mushola.
Tahap Pengembangan
Berdasarkan Surat Keputusan Kapala Dinas pendidikan Provinsi DIY tanggal 9 Mei 2007 Nomor: 150 tahun 2007, SMA Negeri 1 Wates pada tahun pelajaran 2007/2008 dipercaya untuk membuka kelas pogram akselerasi. Dan mulai tahun 2009/2010 SMA Negeri 1 Wates juga ditunjuk sebagai Sekolah Kategori Mandiri. (24/08/2013)
